Да, запятая нужна. Это составной союз “хоть и..,но”. “.. который хоть и поздно, но пришёл”. Остановимся на этом моменте. Тут опущено ещё одно сказумое “пришёл”. Полное предложение(придаточное)звучит так : “который хоть и пришёл поздно, но пришёл”. Чтобы избежать повтора, его убрали. Так что это неполное предложение, в котором союз “хоть и…,но” связывает два однородных сказуемых, одно из которых опущено.

Следующие вопросы