С.М. Соловьев считал, что при всех жестокостях царя Ивана его деятельность была шагом вперед к победе «государственных начал». В то же время он резко и недвусмысленно осуждал казни невинных людей в эпоху Ивана Грозного. Соловьев писал, что «не произнесет историк слово оправдания такому человеку».
На схожих позициях в целом стоял В.О. Ключевский. Общий результат опричнины он формулирует так: «Современники поняли, что опричнина, выводя крамолу, вводила анархию, оберегая государя, колебала самые основы государства. Направленная против воображаемой крамолы, она подготовляла действительную».
Точка зрения современного исследователя В.Б. Кобрина: «…Не только разорение страны, даже не только жестокое крепостничество, но и в не меньшей степени развращающее влияние на общественное сознание обусловливают отрицательную оценку роли опричнины и в целом деятельности Ивана Грозного в истории России».
С.Ф. Платонов рассматривал опричнину как форму борьбы с княжеско-боярской аристократией — главным противником централизации государства. В результате опричнины было подорвано могущество старой знати — боярства — в пользу новой знати — поместного дворянства.
Однако исследования С.Б. Веселовского, А.А. Зимина, В.Б. Кобрина и других историков показали, что опричнина не изменила структуру феодального землевладения в России. Ее роль ограничилась лишь ликвидацией незначительных остатков удельной системы. Не выдерживает критики и противопоставление «реакционного» боярства «прогрессивному» дворянству.
Русское боярство принципиально отличалось от западноевропейской аристократии. С последней сопоставимы скорее удельные князья. Термин «боярин» обозначал княжеского слугу высокого ранга. Не случайно на Руси мало было боярских замков, которые на Западе создавали основу военной и политической автономии его владельца. Бояре, в отличие от западноевропейских баронов, как правило, не обороняли свои села. При появлении вражеских войск они съезжались под стены княжеского града и вместе защищали все княжество целиком. Экономически бояре также не были заинтересованы в сепаратизме, поскольку их владения располагались не компактно, в одном месте, а в четырех-шести уездах. Возврат к удельномусепаратизму поэтому прямо угрожал их владениям.
Опричнина не была антибоярской политикой. Среди опричников было много представителей аристократических родов. К тому же, на одного казенного боярина приходилось 3-4 рядовых землевладельца, а на одного представителя привилегированных служилых землевладельцев — десяток лиц из низших слоев.
Разорение и террор, сопровождавшие опричнину, в сочетании с последствиями неудачной Ливонской войны 1558-1583 гг. и эпидемией чумы начала 70-х гг. XVI века привели к глубокому экономическому кризису. Казалось, страна пережила вражеское нашествие. Необработанными оставались более половины земель.
Разруха ускорила закрепощение крестьян. Опричнина способствовала утверждению наиболее жестких форм крепостничества. Становление в результате опричного террора деспотического режима отразилось и на положении дворянства. При Иване Грозном, как писал В.Б. Кобрин, «завершилось превращение русских дворян в холопов самодержавия». Рабская психология, от которой с тех пор не были свободны даже представители правящей элиты, превратилась в долговременный и трагический фактор русской истории.
Экономическая разруха, закрепощение крестьян, да и противоречия в среде господствующего сословия, оставшиеся от опричнины, довели до крайности социальное напряжение. Еще более усугубил обстановку династический кризис конца XVI века. Все эти факторы вызвали к жизни самый глубокий и всеобъемлющий кризис российского общества, названный Смутой, или Смутным временем.
Споры ведутся о смысле и цели опричнины. Наиболее авторитетным представляется мнение Р.Г. Скрынникова, который отстаивает мысль о том, что опричнина и ее террор не были подчинены единой цели. Начавшись как борьба с прежней правящей элитой — княжатами, опричнина переросла в конфликт между государственной властью и господствующим сословием в целом. Посредством опричнины царь разделил дворянство и натравил одну группу на другую. Итогом этого явилось утверждение неограниченной личной власти, но была утрачена стабильность монархии. Опричнина привела не только к физическому уничтожению людей, но и к тяжелым экономическим последствиям, к разрушению моральных ценностей и устоев общества.
Практически все историки видят в опричнине один из факторов, подготовивших Смуту начала XVII века.